Musim ini mulai memasuki musim gugur. Pertarungan Yuuki Makoto bersama kelompok SEES melawan monster aneh yang disebut “Shadow” semakin mendekati akhir. Makoto dan teman-temannya terlibat dalam pertempuran hidup-mati melawan Shadow untuk mengakhiri Dark Hour. Dalam setiap pertempuran, beberapa dari mereka harus siap menghadapi kematian yang mungkin terjadi pada teman ataupun keluarga, mereka juga harus siap melindungi hal yang berharga milik mereka, dan yang tak penting adalah untuk mengetahui arti dari setiap pertempuran yang telah terjadi. Di hadapan Makoto, seorang murid pindahan, Mochizuki Ryouji datang padanya. Ketika sekelompok orang menyambut pagi yang baru, roda takdir mulai berubah. Pertarungan masing-masing kelompok pun dimulai…