Memasuki pergantian musim semi ke musim panas, Yuuki Makoto masih bersama dengan SEES. Makoto bertemu dengan teman-teman baru, salah satunya berteman dengan Aegis, sebuah android yang diciptakan untuk mengalahkan Shadow. Bersama dengan tim SEES, mereka terus membasmi Shadow, namun kali ini mereka juga harus menghadapi Strega, sekelompok orang yang menyalahgunakan Persona untuk melakukan hal-hal buruk.