Di tengah malam, tiba-tiba muncul “Dark Hour” yang tidak disadari oleh sebagian banyak orang. Tak lama kemudian, makhluk-makhluk berbahaya yang dikenal sebagai “Shadow” memenuhi di berbagai tempat. Yuuki Makoto yang baru saja pindah sekolah ke SMA Gekkoukan diserang oleh Shadow yang kemudian membuat “Persona” dalam dirinya terbangun. Makoto kemudian bergabung dengan Klub SEES untuk mengungkap alasan di balik kemunculan Dark Hour dan membersihkan dunia dari Shadow.