Cerita bermulai ketika Nobita dibelikan seekor kumbang oleh ayahnya. Nobita berjanji kepada sang ayah untuk menjaga dan merawat kumbang tersebut. Kemudian Doraemon dan kawan-kawan menemukan sebuah pulau yang dijadikan tempat penampungan hewan yang terancam punah salah satunya kumbang emas .Kumbang Emas merupakan hewan mistis yang dianggap sebagai dewa para kumbang yang juga pelindung dan pemberi tenaga pada semua spesies hewan dipulau tersebut. Mendengar keajaiban kumbang emas para kolektor benda mistis ingin memilikinya. Oleh karena itu seorang pemburu berangkat ke pulau penampungan hewan karena ia ingin menangkap kumbang mistis tersebut. Doraemon, Nobita, Shizuka, Giant, Suneo dan Ayah Nobita masa kecil yang tidak sengaja ikut dalam pertualangan tersebut berkeinginan melindungi sang kumbang emas agar mata rantai spesies hewan di pulau tersebut dapat terus dilanjutkan meskipun mereka dihadapkan kesulitan yang tidak biasa karena semua alat tempur yang biasa digunakan oleh Doraemon sedang diperbaiki karena rusak di toko elektronik masa depan tempat di mana Doraemon berasal.