Tiga tahun setelah peristiwa di Digimon Adventure 02, Taichi Yagami kecewa karena tidak ada teman-temannya yang bisa datang ke pertandingan sepak bolanya. Pada hari pertandingan Taichi, Kuwagamon tiba-tiba muncul dan mengganggu perangkat elektronik di seluruh kota. Taichi mengejar Kuwagamon, yang mengambil bentuk fisik dan mulai menyerang Taichi, menyebabkan kerusakan pada kota. Saat Taichi terpojok, Digivice miliknya bersinar dan Agumon muncul, lalu berevolusi menjadi Greymon untuk menghadapi Kuwagamon. Guna menghadapi Kuwagamon yang semakin banyak muncul, Taichi bergabung dengan Anak-Anak Terpilih yang lain bersama pasangan Digimon mereka, kecuali Joe.Setelah DigiDestined mengumpulkan informasi terkait kejadian-kejadian aneh menjelang penampakan Kuwagamon, yang diyakini disebabkan oleh distorsi ruang, Taichi dan Yamato mengunjungi Nishijima, yang mengungkapkan dirinya sabagai agen dari organisasi pemantauan aktivitas Digimon, terutama Digimon Terinfeksi seperti Kuwagamon yang muncul. Taichi mulai takut bahwa orang-orang bisa terluka akibat tindakannya. Keesokan harinya, Digimon hitam misterius yang dikenal sebagai Alphamon muncul, mengincar Digimon milik Meiko Mochizuki, seorang gadis yang baru saja pindah ke kelas Taichi. Alphamon terlalu kuat untuk dihadapi Digimon lainnya.