Dua tahun setelah pertempuran melawan Eosmon, Davis Motomiya, Ken Ichijouji, Yolei Inoue, Cody Hida, T.K. Takaishi, dan Kari Kamiya bertemu dengan seorang anak laki-laki bernama Rui Owada, yang ditemukan dengan Digivice yang sudah tidak berfungsi dan mengklaim bahwa dirinya adalah Digidestined pertama yang pernah ada. Selain itu, ada Digimon bernama Ukkomon yang muncul di dunia nyata dan ingin setiap orang di dunia memiliki pasangan Digimon mereka sendiri.