Film dimulai dengan kenangan Ran tentang Shinichi saat mereka berdua bermain air mancur di Tropical Land. Lantas cerita berpindah, Ran menerima telepon dari Conan yang sudah menyamar sebagai Shinichi menggunakan dasi kupu-kupu yang bisa merubah suara. Conan biasa menggunakannya untuk memecahkan kasus lewat Kogoro setelah ia membuatnya tidur.

Ran dan Conan a.k.a. Shinichi mengobrol lumayan banyak. Ran menanyakan kepada Shinichi kapan mereka bisa bertemu kembali dan bermain bersama di Tropical Land. Belum sempat menjawab, Conan melihat para gerombolan detektif cilik melintasi bilik telepon umumnya langsung pamitan pada Ran dan menyusul Ayumi, Genta dan Mitsuhiko.

Conan menyapa teman-temannya dan sama-sama akan bermain ke rumah Profesor Agasa. Saat hendak menyeberang, lampu hijau sudah berubah jadi kuning, seorang petugas polisi lantas melarang Conan dan kawan-kawan menyeberang. Conan akhirnya menunggu lampu hijau berikutnya sementara sang polisi tadi pergi ke bilik telepon umum.

Saat lampu berubah hijau, Conan dan yang lainnya menyeberang. Conan sempat melihat ke belakang kembali. Ia melihat seseorang misterius menggunakan jaket berdiri tepat di depan bilik telepon dan menembak sang polisi. Conan langsung mengejar pelaku tersebut lewat jembatan penyeberangan namun tak berhasil.

Conan akhirnya memeriksa keadaan polisi tersebut. Polisi itu terengah-engah, meraih buku catatannya dan akhirnya tewas. Para detektif cilik pun dibawa ke markas polisi untuk dimintai keterangan; namun kesaksian Ayumi, Genta & Mitsuhiko berbeda-beda. Beruntung Conan berhasil memberitahu detailnya. Kesimpulannya adalah pelaku adalah seseorang yang kidal.

Malam harinya, kasus pembunuhan terhadap polisi terjadi. Seorang wanita menemukan petugas polisi lain, Yoichiro Shiba, dibunuh di tempat parkir sebuah gedung apartemen.. Shiba memegang buku catatan polisi di tangan kirinya. Polisi akhirnya mencurigai seorang pembunuh berantai menargetkan petugas kepolisian.

Keesokan paginya, Kogoro menanyakan tentang keadaan penyelidikan kepada Inspektur Megure. Belum menjawab, Megure sudah pamit pergi dan mengatakan bahwa dirinya sibuk.

Kogoro lantas berpikir kalau tingkah Inspektur Megure ini aneh. Saat pergi dari hadapan Kogoro, Megure bertemu dengan Shiratori dan langsung memintanya untuk merahasiakan kasus ini dari Kogoro

Saat malam menjelang, para polisi, Conan, Ran, Kogoro, Sonoko dan Eri menghadiri pesta resepsi pernikahan adik perempuan Shiratori yang baru saja menikah. Kogoro merasa atmosfernya agak melunak disini, ia pun kembali menanyakan tentang penyelidikan pada Megure. Lagi-lagi, baik Kogoro dan Conan sama sekali tidak mendapatkan informasi yang jelas.