Film dimulai dengan adegan Ran yang bermimpi tentang Ibunya, Eri, yang tertembak. Sontak Ran bangun dan segera menelpon Ibunya untuk memastikan Ibunya itu baik-baik saja dan juga memberitahu isi mimpinya. Eri sempat tersentak mendengar isi mimpi anak gadisnya itu, namun Eri mengatakan bahwa tidak terjadi apa-apa dengannya.

Adegan pun kemudian berubah menjadi adegan di dalam sebuah penjara, di mana seorang pria bernama, Jo Murakami mengulurkan buku catatan yang mengatakan, “Kota Beika, Kogoro Mouri”, lantas beralih lagi ke adegan dimana para detektif cilik (Ayumi, Genta dan Mitsuhiko) sedang berkumpul dan bermain sembari menunggu Profesor Agasa.

Mereka semua akan bermain ke Tohto Aeronautic Memorial Museum; disana mereka bisa melihat banyak jenis helikopter dan pesawat yang dipajang di museum. Mereka bermain tebak-tebakan yang memiliki hubungan dengan penambahan ulang tahun dan lain sebagainya.

Saat asyik bermain, Conan melihat seorang fotografer bernama Shishido Eimei mengambil gambar di sekitar museum.

Di saat yang sama Jo Murakami terlihat mengetuk pintu. Ketika dia tidak mendapat jawaban, dia pergi. Kantor Detektif Kogoro sedang tidak ada siapa-siapa karena Ran dan Sonoko sedang menghadiri sesi tanda tangan dengan Minoru Nishina yang telah menulis beberapa buku masak; sedangkan Kogoro sedang pergi keluar.

Setelah sesi tanda tangan selesai, Ran dan Sonoko bersantai di kafe sembari Ran menceritakan tentang pertengkaran yang menyebabkan Kogoro dan Eri berpisah ketika dia berusia tujuh tahun.

Ia ingin sekali bisa membuat Ayah Ibunya kembali rukun, ia pun ingat kalau malam itu mereka akan bertemu dengan Eri untuk makan malam jam 7 malam.

Saat bertemu Eri di restoran, Kogoro sekaligus memperkenalkan Hiroki Tsuji, seorang pegolf profesional yang saat ini sedang berlatih untuk pertandingan AS Terbuka. Setelah pisah meja, Kogoro, Eri, Ran dan Conan makan bersama. Namun semuanya jadi ambyar lantaran Kogoro terlihat mendekati Towako Okano. Eri kesal bukan main dan pergi dari tempat makan itu.

Seminggu berlalu, Kogoro mendapat kabar kalau Inspektur Megure tertembak panah saat sedang berlari bersama istrinya. Saat berkunjung ke rumah sakit, Shiratori mengatakan bahwa panah yang melukai Megure ditembakan dari panah otomatis. Sebuah pedang yang terlihat seperti senjata yang dipegang oleh King di kartu remi.

Tak lama setelah kejadian penembakan Megure, kini nyawa Eri yang diincar. Sebuah cokelat Zigoba yang notabenenya adalah favorit Eri datang, dan langsung Eri makan karena berpikir itu dari Kogoro sebagai ucapan minta maaf. Namun ia malah ambruk ke lantai karena di dalam cokelat itu ternyata ada racun; beruntung Eri selamat karena tidak sempat menelan coklat itu.