“Strobe Edge” berfokus pada seorang bernama Ninako diperankan oleh Kasumi Arimura, merupakan siswi SMA perempuan. Dia memiliki kepribadian yang jujur dan murni. Teman sekelasnya yang bernama Daiki diperankan oleh Jingi Irie suka kepadanya namun Ia tidak berani mengungkapkan isi hatinya tersebut.

Suatu ketika dalam perjalanan pulang di sebuah kereta Ninaki bertemu dengan Ren diperankan oleh Sota Fukushi. Ia bersekolah yang sama seperti Ninako, Ren sendiri merupakan sosok pria yang sangat populer di kalangan siswi perempuan.

Mereka berdua akhirnya saling kenal dan menghabiskan banyak waktu bersama-sama, Ninako pun mulai memiliki perasaan terhadap Ren.