Melanjutkan Movie sebelumnya yang bercerita mengenai usaha para murid-murid buangan di kelas 3-E SMP Kunugigaoka yang diberi tugas untuk membunuh sesosok makhluk misterius yang akan menghancurkan Bumi pada upacara kelulusan mereka. Bagi siapapun yang berhasil membunuh makhluk yang di namai Koro-sensei tersebut akan mendapatkan imbalan berupa uang tunai sebesar 10juta Yen. Dalam usaha pembunuhan tersebut, para murid SMP di kelas 3-E pun mendapatkan pendidikan bagaimana menjadi seorang pembunuh ulung.