Jauh di Pegunungan Ararat, Turki, sebuah organisasi rahasia yang dikenal sebagai ARCAM telah menemukan apa yang diyakini sebagai Bahtera Nuh. Namun, Korps Mesin AS, sebuah organisasi Pentagon, ingin mengambil alih Bahtera untuk menguatkan supremasi. Hanya Spriggan yang dapat menghalangi mereka. Spriggan Jepang, Yuu Ominae bekerja sama dengan Spriggan Prancis, Jean Jacquemondo untuk melawan anggota Korps Mesin AS yang dipimpin oleh Kolonel MacDougall, anak laki-laki yang telah menjalani modifikasi genetik hingga memiliki kekuatan psionik yang luar biasa.