Orange bercerita mengenai kisah Takamiya Naho, siswi 16 tahun yang menerima surat misterius yang mengaku datang dari dirinya yang berusia 27 tahun. Tiba-tiba, hidupnya dipenuhi kekacauan. Surat tersebut mengatakan kalau seorang murid pindahan bernama Naruse Kakeru akan bergabung di kelasnya, dan dia harus mengawasi murid tersebut. Naho harus kemudian memutuskan apa yang harus dilakukannya, bukan untuk masa depannya saja, tapi masa depan Kakeru juga.