Pada tahun 2015, dunia berada di ambang kehancuran. Harapan terakhir umat manusia ada di tangan Nerv, sebuah agen khusus di bawah Perserikatan Bangsa-Bangsa, danĀ Evangelion mereka, mesin-mesin raksasa yang mampu mengalahkan para “Malaikat” yang menandai kehancuran Bumi. Kepala organisasi, Gendou Ikari mencari pilot yang berpotensi dan dapat tersinkronisasi dengan Evangelion. Shinji IkariĀ bertemu dengan ayahnya setelah beberapa tahun tidak bertemu. Hidupnya mulai berubah total ketika ia dibawa ke dalam Nerv. Ia ditugaskan menjadi pilot Evangelion Unit-01 dengan nasib umat manusia di pundaknya.