Dianggap aneh dan ditakuti manusia, makhluk yang tak dikenal itu kemudian dikenal sebagai Mushi. Meskipun makhluk misterius itu tidak memiliki niat buruk pada manusia, tetapi keberadaan mereka membuat banyak orang menderita penyakit aneh. Ginko kembali melanjutkan perjalanan untuk meneliti Mushi dan membuatnya agar dapat hidup berdampingan dengan manusia.