Anna Akechi adalah siswi kelas dua SMP yang tinggal di Kota Makoto Mirai. Pada ulang tahunnya yang ke-14, ia secara tak sengaja bertemu dengan peri bernama Pochitan, dan sebuah liontin ajaib membawanya kembali ke masa lalu dari tahun 2027 ke tahun 1999! Di Kota Makoto Mirai 28 tahun yang lalu, Anna bertemu Mikuru Kobayashi, seorang gadis seusianya yang ingin menjadi detektif hebat.

Sementara itu, warga kota sedang dalam kesulitan karena barang-barang berharga mereka dicuri di depan mata mereka – penyebabnya adalah sekelompok Pencuri Hantu. Untuk menghentikan mereka, Anna dan Mikuru berubah menjadi Precure! Mungkin jika mereka memecahkan misteri ini, Anna dapat menemukan jalan kembali ke zamannya sendiri?