Kemono Jihen sendiri berkisah di sebuah pedesaan yang tenang namun misterius, dimana banyak hewan peliharaan mati secara tidak wajar dalam insiden aneh. Untuk mengungkap peristiwa itu, seorang lelaki berwajah aneh dari Tokyo bernama Inugami datang ke desa tersebut untuk menyelidikinya. Ia pun bertemu dengan seorang bocah lelaki dengan aura misterius bernama Dorotabo.