Setiap hari umat manusia terancam oleh monster yang disebut dengan kaijuu. Kafka Hibino bercita-cita untuk bergabung dengan Angkatan Pertahanan Jepang untuk memusnahkan monster. Namun, entah sejak kapan ia menyerah dengan impiannya dan bekerja di sebuah perusahaan Pembersih Kaiyuu. Masih teringat jelas janjinya bersama teman masa kecilnya, Mina Ashiro yang kini menjadi komandan unit ke-3. Kafka merasa tak layak untuk bertarung bersamanya. Namun, saat ia bertemu dengan juniornya, Reno Ichikawa yang bercita-cita menjadi anggota Angkatan Pertahanan, waktunya yang berhenti kembali bergerak.