Grave of The Fireflies menceritakan tentang Seita dan Setsuko, sepasang kakak beradik laki-laki dan perempuan yang tinggal di sebuah desa di Jepang. Cerita ini berlatar saat Perang Dunia II pada tahun 1945. Ayahnya yang berjuang membela negara sebagai prajurit angkatan laut membuat mereka tinggal dengan ibunya. Saat usia Seita dan Setsuko masing-masing berumur 14 tahun dan 3 tahun pasukan militer Amerika Serikat menyerang kota Kobe melalui jalur udara. Di karenakan rumah mereka terbakar mereka harus mengungsi dengan menumpang di rumah bibinya. Tetapi pada akhirnya Seita dan adiknya tidak bertahan lama tinggal di rumah bibinya karena sang bibi menganggap bahwa mereka hanya parasit.