Cerita baru dalam anime Gundam Build Metaverse ini berlatar di dunia maya online yang disebut Metaverse. Di Metaverse, pengguna dapat menggunakan avatar untuk bergerak dan berinteraksi dengan pengguna lain, termasuk melakukan pertempuran Gunpla (model plastik Gundam). Cerita ini berpusat pada Rio Hōjō, seorang anak laki-laki yang tinggal di Hawaii. Rio belajar cara membangun Gunpla dari seorang hobiis lokal bernama Seria Urutsuki. Di Metaverse, Rio bertemu dengan seorang sosok misterius yang dikenal sebagai Mask Lady. Mask Lady mengajarkan kepada Rio seni pertempuran Gunpla, dan Rio berusaha menjadi lebih baik setiap harinya. Dengan Gunpla buatannya yang bernama Lah Gundam, Rio mencari lawan yang semakin kuat.