Setelah beberapa bulan berlalu sejak kejadian munculnya Gate di Ginza. Kini pemerintah Jepang bersama pasukannya mulai mengetahui sedikit demi sedikit tentang dunia misterius tersebut setelah menjelajahi dan menelitinya.

Kini Ketegangan antara Pasukan Jieitai / Self-Defence Force (SDF) dengan Kekaisaran sudah berangsur membaik. Walaupun begitu, mulai muncul rasa keingintahuan yang besar dan berubah menjadi keserakahan terhadap Gate dari masyarakat Jepang, dan dilain sisi Putri Pina kesulitan dalam meyakinkan Ayahnya kalau JSDF tidak berniat untuk menaklukkan kerajaan mereka.

Dari sinilah tugas Letnan Itami bersama teman-temannya untuk menyelesaikan misi-misi besar akhirnya dimulai.