Gakusen Toshi Asterisk mengikuti kisah Ayato Amagiri, seorang siswa yang baru saja pindah ke salah satu dari enam sekolah paling elit untuk siswa Genestella di dunia — Seidoukan Academy — di mana para siswa belajar untuk mengendalikan kekuatan mereka dan berduel satu sama lain dalam pertempuran hiburan yang dikenal sebagai festas. Sayangnya, Ayato memulai dengan kasar. Ketika mencoba mengembalikan saputangan yang hilang ke teman sekelas perempuan, dia secara tidak sengaja melihat perubahan yang menyebabkannya menantangnya untuk berduel. Apa yang kebanyakan orang tidak menyadari bagaimanapun, adalah bahwa Ayato tidak memiliki minat nyata dalam festival dan sebaliknya memiliki motif alternatif untuk bergabung dengan sekolah bergengsi ini.