Berlatar di sebuah sekolah elit super duper harapan dimana seluruh muridnya merupakan siswa-siswa istimewa yang  hanya sedikit dapat masuk kedalam sekolah tersebut.

Bercerita tentang siswa bernama Naegi Makoto beserta dengan ke-14 murid lainnya, mereka tiba-tiba saja mereka dikumpulkan disana oleh seekor boneka beruang yang disebut Monokuma dengan tujuan aneh, yaitu untuk saling membunuh agar dapat lulus dan keluar dari gedung sekolah tersebut.

Awalnya, tak seorang pun yang percaya akan ucapan konyol itu hingga pembunuhan pertama terjadi dan memaksa mereka semua untuk memulai game mengerikan tersebut dan membuat keadaan menjadi kacau.